Alignment of cyt b and b6 and subunit IV
0 10 20 30 40 | | | | | Bostaurus ----------------MTNIRKSHPLMKIVNNAFIDLPAPSNISSWWNFGSLLGICLILQchicken ---------------MAPNIRKSHPLLKMINNSLIDLPAPSNISAWWNFGSLLAVCLMTQSacch.cere -----------------MAFRKSNVYLSLVNSYIIDSPQPSSINYWWNMGSLLGLCLVIQRbcapsul -MSGIPHDHYEPKTGIEKWLHDRLPIVGLVYDTIM-IPTPKNLNWWWIWGIVLAFTLVLQChlamyrb6 -------------MSKVYDWFEERLEIQAIADDITSKYVPPHVNIFYCIGGITFTCFLVQ . . : : . : * :. :: * : :: *Prim.cons. MMSNIRKSH2E2KTGIEKWLHDRLPLLKLVN25IIDLPAPSNIN5WWNFGSLL25CLVLQ 50 60 70 80 90 100 | | | | | |Bostaurus ILTGLFLAMHYTSDTTTAFSSVTHICRDVNYGWIIRYMHANGASMFFICLYMHVGRGLYYchicken ILTGLLLAMHYTADTSLAFSSVAHTCRNVQYGWLIRNLHANGASFFFICIFLHIGRGLYYSacch.cere IVTGIFMAMHYSSNIELAFSSVEHIMRDVHNGYILRYLHANGASFFFMVMFMHMAKGLYYRbcapsul IVTGIVLAMHYTPHVDLAFASVEHIMRDVNGGWAMRYIHANGASLFFLAVYIHIFRGLYYChlamyrb6 VATGFAMTFYYRPTVAEAFASVQYIMTDVNFGWLIRSIHRWSASMMVLMMVLHVFRVYLT : **: ::::* . **:** : :*: *: :* :* .**::.: : :*: : Prim.cons. I2TG2FLAMHYT2D25LAFSSVEHIMRDVNYGW2IRY2HANGAS2FF2CM22H22RGLYY 110 120 130 140 150 160 | | | | | |Bostaurus GSYT--FLETWNIGVILLLTVMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSAIPYIGTNLVEchicken GSYL--YKETWNTGVILLLTLMATAFVGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIPYIGHTLVESacch.cere GSYRSPRVTLWNVGVIIFILTIATAFLGYCCVYGQMSHWGATVITNLFSAIPFVGNDIVSRbcapsul GSYKAPREITWIVGMVIYLLMMGTAFMGYVLPWGQMSFWGATVITGLFGAIPGIGPSIQAChlamyrb6 GGFKRPRELTWVTGVIMAVCTVSFGVTGYSLPWDQVGYWAVKIVTGVPDAIPGVGGFIVE *.: . * *::: : :. .. ** :.*:..*...::*.: .*** :* : Prim.cons. GSYK5PR23TWN2GVI2LL2TMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIP2IG55IVE 170 180 190 200 210 | | - | | | --------Bostaurus WIWGGFSVDKATLTRFFAFH-FILPFIIMAIAMVHLLFLHETGSNNPTGISS--------chicken WAWGGFSVDNPTLTRFFALH-FLLPFAIAGITIIHLTFLHESGSNNPLGISS--------Sacch.cere WLWGGFSVSNPTIQRFFALH-YLVPFIIAAMVIMHLMALHIHGSSNPLGITG--------Rbcapsul WLLGGPAVDNATLNRFFSLH-YLLPFVIAALVAIHIWAFHTTGNNNPTGVEVRR------Chlamyrb6/IV LLRGGVGVGQATLTRFYSLHTFVLPLLTAVFMLMHFLMIRKQGISGPLMSVTKKPDLSDP ** .*.:.*: **:::* :::*: : :*: :: * ..* Prim.cons. WLWGGFSVDNATLTRFFALHTFLLPFIIAAIVI2HLL2LHETGSNNPLGISS22PDLSDP 220 230 240 250 260 -------- | | | | | Bostaurus --------DVDKIPFHPYYTIKDILGALLLILALMLLVLFAPDLLGDPDNYTPANPLNTPchicken --------DSDKIPFHPYYSFKDILGLTLMLTPFLTLALFSPNLLGDPENFTPANPLVTPSacch.cere --------NLDRIPMHSYFIFKDLVTVFLFMLILALFVFYSPNTLGQPDNYIPGNPLVTPRbcapsul --TSKADAEKDTLPFWPYFVIKDLFALALVLLGFFAVVAYMPNYLGHPDNYVQANPLSTPChlamyrIV VLKAKLAKGMGHNTYGEPAWPNDLLYMFPVVILGTFACVIGLSVLDPAAMGEPANPFATP . . :*:. .: . *. . .**: **Prim.cons. VL22K222D5DKIPFHPY252KDLLGLFLVLL525LLVL2SPNLLGDPDNYTPANPLVTP 270 280 290 300 | | ------------------ | | Bostaurus PHIKPEWYFLFAYAILRSIPN------------------KLGGVLALAFSILILALIPLLchicken PHIKPEWYFLFAYAILRSIPN------------------KLGGVLALAASVLILFLIPFLSacch.cere ASIDPEWYLLPFYAILRSIPD------------------KLLGVITMFAAILVLLVLPFTRbcapsul AHIVPEWYFLPFYAILRAFAADVWVVILVDGLTFGIVDAKFFGVIAMFGAIAVMALAPWLChlamyrIV LEILPEWYFYPVFQILRVVPN------------------KLLGVLLMAAVPAGLITVPFI * ****: : *** .. *: **: : : * Prim.cons. 2HIKPEWYFLP2YAILRSIPNDVWVVILVDGLTFGIVDAKL2GVLAMAA2IL2LALIPFL 310 320 330 340 350 360 | - | | | | |Bostaurus HTSKQRSMMF-RPLSQCLFWALVADLLTLTWIGGQPVEHPYITIGQLASVLYFLLILVLMPchicken HKSKQRTMTF-RPLSQTLFWLLVANLLILTWIGSQPVEHPFIIIGQMASLSYFTILLILFPSacch.cere DRSVVRGNTF-KVLSKFFFFIFVFNFVLLGQIGACHVEVPYVLMGQIATFIYFAYFLIIVPRbcapsul DTSKVRSGAY-RPKFRMWFWFLVLDFVVLTWVGAMPTEYPYDWISLIASTYWFAYFLVILPChlamyrIV ESINKFQNPYRRPIATILF--LLGTLVAV-WLGIGST-FPIDISLTLGLF----------- . :: :: : . :*. :. : Prim.cons. 2TSK2RS2TFRPLSQTLFWLLVA222VLTWIG2QPVEHPYITIGQIAS44YFAYFL224P 370 380 390 400 | |Bostaurus TAGTIENKLLKW----------------chicken TIGTLENKMLNY----------------Sacch.cere VISTIENVLFYIGRVNK-----------Rbcapsul LLGATEKPEPIPASIEEDFNSHYGNPAEChlamyrIV ---------------------------- Prim.cons. TIGTIENKLL4422222DFNSHYGNPAE
0
10 20 30 40
| | | | | Bostaurus ----------------
MTNIRKSH
PLMKIVNNAFIDLPAPSNISSWWNFGSLLGICLILQchicken ---------------
MAPNIRKSH
PLLKMINNSLIDLPAPSNISAWWNFGSLLAVCLMTQ
Sacch.cere
-----------------
MAFRKSN
VYLSLVNSYIIDSPQPSSINYWWNMGSLLGLCLVIQRbcapsul -MSGIPHDHYEPKTGIEKWLHDRLPIVGLVYDTIM-IPTPKNLNWWWIWGIVLAFTLVLQChlamyrb6 -------------
MSKVYDWFEER
LEIQAIADDITSKYVPPHVNIFYCIGGITFTCFLVQ . . : : . : * :. :: * : :: *Prim.cons. MMSNIRKSH2E2KTGIEKWLHDRLPLLKLVN25IIDLPAPSNIN5WWNFGSLL25CLVLQ
50 60
70 80 90 100
| | | | | |Bostaurus ILTGLFLAMHYTSDTTTAFSSVTHICRDVNYGWIIRYMHANGASMFFICLYMHVGRGLYYchicken ILTGLLLAMHYTADTSLAFSSVAHTCRNVQYGWLIRNLHANGASFFFICIFLHIGRGLYYSacch.cere IVTGIFMAMHYSSNIELAFSSVEHIMRDVHNGYILRYLHANGASFFFMVMFMHMAKGLYYRbcapsul IVTGIVLAMHYTPHVDLAFASVEHIMRDVNGGWAMRYIHANGASLFFLAVYIHIFRGLYYChlamyrb6 VATGFAMTFYYRPTVAEAFASVQYIMTDVNFGWLIRSIHRWSASMMVLMMVLHVFRVYLT : **: ::::* . **:** : :*: *: :* :* .**::.: : :*: : Prim.cons. I2TG2FLAMHYT2D25LAFSSVEHIMRDVNYGW2IRY2HANGAS2FF2CM22H22RGLYY
110 120
130 140 150 160
| | | | | |Bostaurus GSYT--
FLET
WNIGVILLLTVMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSAIPYIGTNLVEchicken GSYL--
YKET
WNTGVILLLTLMATAFVGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIPYIGHTLVE
GSYRSPRVTLWNVGVIIFILTIATAFLGYCCVYGQMSHWGATVITNLFSAIPFVGNDIVSRbcapsul GSYKAPREITWIVGMVIYLLMMGTAFMGYVLPWGQMSFWGATVITGLFGAIPGIGPSIQAChlamyrb6 GGFKRPRELTWVTGVIMAVCTVSFGVTGYSLPWDQVGYWAVKIVTGVPDAIPGVGGFIVE *.: . * *::: : :. .. ** :.*:..*...::*.: .*** :* : Prim.cons. GSYK5PR23TWN2GVI2LL2TMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIP2IG55IVE
170 180
190 200 210
| |
-
| | |
----
--
Bostaurus WIWGGFSVDKATLTRFFAFH-FILPFIIMAIAMVHLLFLHETGSNNPTGISS--------chicken WAWGGFSVDNPTLTRFFALH-FLLPFAIAGITIIHLTFLHESGSNNPLGISS--------
WLWGGFSVSNPTIQRFFALH-YLVPFIIAAMVIMHLMALHIHGSSNPLGITG--------Rbcapsul WLLGGPAVDNATLNRFFSLH-YLLPFVIAALVAIHIWAFHTTGNNNPTGVEVRR------Chlamyrb6/IV LLRGGVGVGQATLTRFYSLHTFVLPLLTAVFMLMHFLMIRKQGISGPLMSVTKKPDLSDP ** .*.:.*: **:::* :::*: : :*: :: * ..* Prim.cons. WLWGGFSVDNATLTRFFALHTFLLPFIIAAIVI2HLL2LHETGSNNPLGISS22PDLSDP
220 230 240
250 260
------
|
| | | | Bostaurus --------DVDKIPFHPYYTIKDILGALLLILALMLLVLFAPDLLGDPDNYTPANPLNTPchicken --------DSDKIPFHPYYSFKDILGLTLMLTPFLTLALFSPNLLGDPENFTPANPLVTP
--------NLDRIPMHSYFIFKDLVTVFLFMLILALFVFYSPNTLGQPDNYIPGNPLVTPRbcapsul --TSKADAEKDTLPFWPYFVIKDLFALALVLLGFFAVVAYMPNYLGHPDNYVQANPLSTPChlamyrIV VLKAKLAKGMGHNTYGEPAWPNDLLYMFPVVILGTFACVIGLSVLDPAAMGEPANPFATP
. . :*:. .: . *. . .**: **Prim.cons. VL22K222D5DKIPFHPY252KDLLGLFLVLL525LLVL2SPNLLGDPDNYTPANPLVTP
270 280 290 300
------------------
| | Bostaurus PHIKPEWYFLFAYAILRSIPN------------------KLGGVLALAFSILILALIPLLchicken PHIKPEWYFLFAYAILRSIPN------------------KLGGVLALAASVLILFLIPFL
ASIDPEWYLLPFYAILRSIPD------------------KLLGVITMFAAILVLLVLPFTRbcapsul AHIVPEWYFLPFYAILRAFAADVWVVILVDGLTFGIVDAKFFGVIAMFGAIAVMALAPWLChlamyrIV LEILPEWYFYPVFQILRVVPN------------------KLLGVLLMAAVPAGLITVPFI * ****: : *** .. *: **: : : * Prim.cons. 2HIKPEWYFLP2YAILRSIPNDVWVVILVDGLTFGIVDAKL2GVLAMAA2IL2LALIPFL
310 320 330 340
350 360
| | | | |Bostaurus HTSKQRSMMF-RPLSQCLFWALVADLLTLTWIGGQPVEHPYITIGQLASVLYFLLILVLMPchicken HKSKQRTMTF-RPLSQTLFWLLVANLLILTWIGSQPVEHPFIIIGQMASLSYFTILLILFP
DRSVVRGNTF-KVLSKFFFFIFVFNFVLLGQIGACHVEVPYVLMGQIATFIYFAYFLIIVPRbcapsul DTSKVRSGAY-RPKFRMWFWFLVLDFVVLTWVGAMPTEYPYDWISLIASTYWFAYFLVILPChlamyrIV ESINKFQNPYRRPIATILF--LLGTLVAV-WLGIGST-FPIDISLTLGLF----------- . :: :: : . :*. :. : Prim.cons. 2TSK2RS2TFRPLSQTLFWLLVA222VLTWIG2QPVEHPYITIGQIAS44YFAYFL224P
370 380 390 400
| |Bostaurus TAGTIENKLLKW----------------chicken TIGTLENKMLNY----------------
VISTIENVLFYIGRVNK-----------Rbcapsul LLGATEKPEPIPASIEEDFNSHYGNPAEChlamyrIV ---------------------------- Prim.cons. TIGTIENKLL4422222DFNSHYGNPAE
1 Bostaurus 449 2 chicken 449 3 Saccharocere 449 4 Rbcapsul 449 5 Chlamyrb6 449 6 ChlamyrIV 449 bos chk S.ce Rb.c Chlb Chl4 1 -- M1 -- -- -- -- 2 M1 A2 -- M1 M1 -- 3 T2 P3 M1 S2 S2 -- 4 N3 N4 A2 G3 K3 -- 5 I4 I5 F3 I4 V4 -- 6 R5 R6 R4 P5 Y5 -- 7 K6 K7 K5 H6 D6 -- 8 S7 S8 S6 D7 W7 -- 9 H8 H9 N7 H8 F8 -- 10 -- -- -- Y9 E9 -- 11 -- -- -- E10 E10 -- 12 -- -- -- P11 R11 -- 13 -- -- -- K12 -- -- 14 -- -- -- T13 -- -- 15 -- -- -- G14 -- -- 16 -- -- -- I15 -- -- 17 -- -- -- E16 -- -- 18 -- -- -- K17 -- -- 19 -- -- -- W18 -- -- 20 -- -- -- L19 -- -- 21 -- -- -- H20 -- -- 22 -- -- -- D21 -- -- 23 -- -- -- R22 -- -- 24 -- -- -- L23 -- -- 25 P9 P10 V8 P24 L12 -- 26 L10 L11 Y9 I25 E13 -- 27 M11 L12 L10 V26 I14 -- 28 K12 K13 S11 G27 Q15 -- 29 I13 M14 L12 L28 A16 -- 30 V14 I15 V13 V29 I17 -- 31 N15 N16 N14 Y30 A18 -- 32 N16 N17 S15 D31 D19 -- 33 A17 S18 Y16 T32 D20 -- 34 F18 L19 I17 I33 I21 -- 35 I19 I20 I18 M34 T22 -- 36 D20 D21 D19 -- S23 -- 37 L21 L22 S20 I35 K24 -- 38 P22 P23 P21 P36 Y25 -- 39 A23 A24 Q22 T37 V26 -- 40 P24 P25 P23 P38 P27 -- 41 S25 S26 S24 K39 P28 -- 42 N26 N27 S25 N40 H29 -- 43 I27 I28 I26 L41 V30 -- 44 S28 S29 N27 N42 N31 -- 45 S29 A30 Y28 W43 I32 -- 46 W30 W31 W29 W44 F33 -- 47 W31 W32 W30 W45 Y34 -- 48 N32 N33 N31 I46 C35 -- 49 F33 F34 M32 W47 I36 -- bos chk S.ce Rb.c Chlb Chl4 50 G34 G35 G33 G48 G37 -- hemenotch gly, bH 51 S35 S36 S34 I49 G38 -- 52 L36 L37 L35 V50 I39 -- 53 L37 L38 L36 L51 T40 -- 54 G38 A39 G37 A52 F41 -- 55 I39 V40 L38 F53 T42 -- 56 C40 C41 C39 T54 C43 -- 57 L41 L42 L40 L55 F44 -- 58 I42 M43 V41 V56 L45 -- 59 L43 T44 I42 L57 V46 -- 60 Q44 Q45 Q43 Q58 Q47 -- 61 I45 I46 I44 I59 V48 -- 62 L46 L47 V45 V60 A49 -- 63 T47 T48 T46 T61 T50 -- 64 G48 G49 G47 G62 G51 -- hemenotch gly, bL 65 L49 L50 I48 I63 F52 -- 66 F50 L51 F49 V64 A53 -- 67 L51 L52 M50 L65 M54 -- 68 A52 A53 A51 A66 T55 -- 69 M53 M54 M52 M67 F56 -- 70 H54 H55 H53 H68 Y57 -- 71 Y55 Y56 Y54 Y69 Y58 -- 72 T56 T57 S55 T70 R59 -- 73 S57 A58 S56 P71 P60 -- 74 D58 D59 N57 H72 T61 -- 75 T59 T60 I58 V73 V62 -- 76 T60 S61 E59 D74 A63 -- 77 T61 L62 L60 L75 E64 -- 78 A62 A63 A61 A76 A65 -- 79 F63 F64 F62 F77 F66 -- 80 S64 S65 S63 A78 A67 -- 81 S65 S66 S64 S79 S68 -- 82 V66 V67 V65 V80 V69 -- 83 T67 A68 E66 E81 Q70 -- 84 H68 H69 H67 H82 Y71 -- 85 I69 T70 I68 I83 I72 -- 86 C70 C71 M69 M84 M73 -- 87 R71 R72 R70 R85 T74 -- 88 D72 N73 D71 D86 D75 -- 89 V73 V74 V72 V87 V76 -- 90 N74 Q75 H73 N88 N77 -- 91 Y75 Y76 N74 G89 F78 -- 92 G76 G77 G75 G90 G79 -- 93 W77 W78 Y76 W91 W80 -- 94 I78 L79 I77 A92 L81 -- 95 I79 I80 L78 M93 I82 -- 96 R80 R81 R79 R94 R83 -- 97 Y81 N82 Y80 Y95 S84 -- 98 M82 L83 L81 I96 I85 -- 99 H83 H84 H82 H97 H86 -- Hem bL ligand bos chk S.ce Rb.c Chlb Chl4 100 A84 A85 A83 A98 R87 -- 101 N85 N86 N84 N99 W88 -- 102 G86 G87 G85 G100 S89 -- 103 A87 A88 A86 A101 A90 -- 104 S88 S89 S87 S102 S91 -- 105 M89 F90 F88 L103 M92 -- 106 F90 F91 F89 F104 M93 -- 107 F91 F92 F90 F105 V94 -- 108 I92 I93 M91 L106 L95 -- 109 C93 C94 V92 A107 M96 -- 110 L94 I95 M93 V108 M97 -- 111 Y95 F96 F94 Y109 V98 -- 112 M96 L97 M95 I110 L99 -- 113 H97 H98 H96 H111 H100 -- Heme bH ligand 114 V98 I99 M97 I112 V101 -- 115 G99 G100 A98 F113 F102 -- 116 R100 R101 K99 R114 R103 -- 117 G101 G102 G100 G115 V104 -- 118 L102 L103 L101 L116 Y105 -- 119 Y103 Y104 Y102 Y117 L106 -- 120 Y104 Y105 Y103 Y118 T107 -- 121 G105 G106 G104 G119 G108 -- 122 S106 S107 S105 S120 G109 -- 123 Y107 Y108 Y106 Y121 F110 -- 124 T108 L109 R107 K122 K111 -- 125 -- -- S108 A123 R112 -- 126 -- -- P109 P124 P113 -- 127 F109 Y110 R110 R125 R114 -- 128 L110 K111 V111 E126 E115 -- 129 E111 E112 T112 I127 L116 -- 130 T112 T113 L113 T128 T117 -- 131 W113 W114 W114 W129 W118 -- 132 N114 N115 N115 I130 V119 -- 133 I115 T116 V116 V131 T120 -- Walker Thr only in b6f 134 G116 G117 G117 G132 G121 -- notch gly, heme bH 135 V117 V118 V118 M133 V122 -- 136 I118 I119 I119 V134 I123 -- 137 L119 L120 I120 I135 M124 -- 138 L120 L121 F121 Y136 A125 -- 139 L121 L122 I122 L137 V126 -- 140 T122 T123 L123 L138 C127 -- 141 V123 L124 T124 M139 T128 -- 142 M124 M125 I125 M140 V129 -- 143 A125 A126 A126 G141 S130 -- 144 T126 T127 T127 T142 F131 -- 145 A127 A128 A128 A143 G132 -- 146 F128 F129 F129 F144 V133 -- 147 M129 V130 L130 M145 T134 -- Walker Thr only in b6f 148 G130 G131 G131 G146 G135 -- notch gly, heme bL 149 Y131 Y132 Y132 Y147 Y136 -- 150 V132 V133 C133 V148 S137 -- bos chk S.ce Rb.c Chlb Chl4 151 L133 L134 C134 L149 L138 -- 152 P134 P135 V135 P150 P139 -- 153 W135 W136 Y136 W151 W140 -- 154 G136 G137 G137 G152 D141 -- 155 Q137 Q138 Q138 Q153 Q142 -- 156 M138 M139 M139 M154 V143 -- 157 S139 S140 S140 S155 G144 -- 158 F140 F141 H141 F156 Y145 -- 159 W141 W142 W142 W157 W146 -- 160 G142 G143 G143 G158 A147 -- 161 A143 A144 A144 A159 V148 -- 162 T144 T145 T145 T160 K149 -- 163 V145 V146 V146 V161 I150 -- 164 I146 I147 I147 I162 V151 -- 165 T147 T148 T148 T163 T152 -- 166 N148 N149 N149 G164 G153 -- 167 L149 L150 L150 L165 V154 -- 168 L150 F151 F151 F166 P155 -- 169 S151 S152 S152 G167 D156 -- 170 A152 A153 A153 A168 A157 -- 171 I153 I154 I154 I169 I158 -- 172 P154 P155 P155 P170 P159 -- 173 Y155 Y156 F156 G171 G160 -- aromat rama outlier 174 I156 I157 V157 I172 V161 -- 175 G157 G158 G158 G173 G162 -- Turn betw cd1,cd2 176 T158 H159 N159 P174 G163 -- 177 N159 T160 D160 S175 F164 -- 178 L160 L161 I161 I176 I165 -- 179 V161 V162 V162 Q177 V166 -- 180 E162 E163 S163 A178 E167 -- 181 W163 W164 W164 W179 L168 -- 182 I164 A165 L165 L180 L169 -- 183 W165 W166 W166 L181 R170 -- 184 G166 G167 G167 G182 G171 -- between cd2, D 185 G167 G168 G168 G183 G172 -- 186 F168 F169 F169 P184 V173 -- 187 S169 S170 S170 A185 G174 -- 188 V170 V171 V171 V186 V175 -- 189 D171 D172 S172 D187 G176 -- 190 K172 N173 N173 N188 Q177 -- 191 A173 P174 P174 A189 A178 -- 192 T174 T175 T175 T190 T179 -- 193 L175 L176 I176 L191 L180 -- 194 T176 T177 Q177 N192 T181 -- 195 R177 R178 R178 R193 R182 -- 196 F178 F179 F179 F194 F183 -- 197 F179 F180 F180 F195 Y184 -- 198 A180 A181 A181 S196 S185 -- 199 F181 L182 L182 L197 L186 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